南极海洋保护区的建设被视为公海保护区建设的领先者，对其他公海保护区的建设具有一定的示范效益。2018年即将开启《联合国海洋法公约》下国家管辖外海域生物多样性养护和可持续利用（BBNJ）国际协定的政府间谈判，包括海洋保护区在内的海洋划区工具将是谈判的主要议题之一。南极海洋保护区的经验从渔业管理和国际政治的角度对BBNJ进程下的海洋保护区讨论给出一些启示。
首先，大型海洋保护区的建设逻辑和与已有的小规模保护区有所区别，不能直接照搬原有的经验。
其次，设立BBNJ海洋保护区的一般性原则是清楚的，这些原则包括：预警原则、生态系统方法、以科学为基础、公开透明、包容兼顾、可持续发展等，但是在具体制度和程序设计中应用这些原则的方式需要有创新。特别是需要建立知识管理的部门以推动对具体养护需求的共同认识，把讨论集中在实质性的事务上。因为重要的不仅是措施本身，还有采取措施的及时性。对于海洋生物多样性保护而言，一个及时但是不完美的起点很可能要好过迟到的最优方案。
